Гафуров был назначен на пост главы института после недовольства руководства КПСС предыдущим руководителем Александром Губером. В ЦК считали, что институт не справлялся со своей задачей подготовки квалифицированных востоковедов для нужд советской внешней политики.
Кроме того, по мнению партийного руководства, после смерти Сталина и знаменитого XX съезда КПСС в стенах института началась недопустимая вольница, сопровождаемая антипартийными выступлениями. Такого власти терпеть не могли, и на место Губера был назначен бывший первый секретарь ЦК Компартии Таджикистана.
В юбилейном издании Института востоковедения о Бободжане Гафурове пишут так: "Сколько бы неожиданной ни показалась смена серьезного карьерного ученого Губера на номенклатурного академика Гафурова, последний показал себя незаурядным организатором науки, уравновешивающим ученую вольницу и партийный заказ".
Действительно, в 1941 году Бободжан Гафуров защитил кандидатскую диссертацию о движении исмаилитов, а в 1947-м выпустил книгу "История таджикского народа в кратком изложении". То есть, несомненно, мог считаться авторитетным ученым.
В то же время Гафуров к 1956-му уже почти двадцать лет находился на партийной работе и имел немалый аппаратный вес. Достаточно сказать, что одной из косвенных причин закрытия Московского института востоковедения (МИВ) стало письмо Гафурова к Георгию Маленкову о том, что выпускники МИВ демонстрируют слабое знание изучаемых языков.
После того как Гафурова "бросили на науку", он принялся за дело с невиданным энтузиазмом и размахом. Не зря до сих пор востоковеды, выпускники ИВ РАН отмечают, что именно при нем произошел небывалый подъем института.
Бободжан Гафуров добился дополнительной финансовой поддержки для института и кадровых "инъекций" – теперь сотрудники на регулярной основе могли выезжать в страны изучаемого языка. Развивался научный обмен, ведь по инициативе Гафурова была проведена первая Всесоюзная конференция востоковедов СССР. В течение первого же "гафуровского" года число научных и научно-технических сотрудников выросло почти вдвое: со 185 до 338 человек.
Некоторые недоброжелатели говорили о Гафурове (в основном, после его смерти), что таджикский академик в Институте востоковедения был послушным исполнителем воли ЦК, поддерживающим любые начинания власти, механическим функционером, для которого воля партии была важнее судьбы сотрудников университета.
Но на самом деле было ровно наоборот: Гафуров одним из первых увеличил штат сотрудников института из числа ученых, пострадавших во времена сталинских репрессий и реабилитированных после XX съезда партии.
Так, в 1956-м в ИВ АН СССР был принят на работу востоковед-фронтовик Ю. В. Ганковский, арестованный в 1947 году. Тогда же в институт вернулся индолог Ростислав Ульяновский, арестованный еще в 1935-м, после убийства Кирова. И потом еще три года бывший "враг народа" занимал должность заместителя института.
Что касается защиты сотрудников, то в юбилейном сборнике, посвященном 200-летию института, приводится рассказ доктора наук Ирины Смилянской, демонстрирующий безукоризненную работу морального компаса Гафурова во время кампании по борьбе с "безродными космополитами", когда власть из-за конфронтации с Израилем на Ближнем Востоке намеренно подогревала антисемитские и антисионистские настроения.
"Первый шаг Гафурова был совершенно знаковый. Из отдела Орбели (академик Иосиф Орбели) поступила бумажка в ленинградский райком от черносотенных сотрудников. Было это письмо о том, что слишком много евреев набрано в институт и что это уже еврейская лавочка, а не институт. Орбели был обескуражен, не знал, как действовать, и обратился к Гафурову как к опытному политику. Гафуров поехал туда, выступил на общем собрании. Говорят, он сказал так: "Вот сегодня вы говорите, что это еврейская лавочка, а завтра скажете, что это армянская лавочка, а потом скажете – таджикская лавочка. А как же дружба народов?"
Гафуров вывел Институт востоковедения на качественно новый уровень: это был не только интеллектуальный центр, а и одно из главных политических мест страны, которое посещали первые лица и высокие делегации из Азии и Африки.
Во всем мире Гафуров известен как крупный ученый-историк и автор первого комплексного труда по истории Таджикистана, в котором была окончательно опровергнута теория о том, что ираноязычные народы Центральной Азии являются пришлыми. Книга "Таджики" совершила революцию представлений об этом народе не только в мире, но и в самом Таджикистане.
В республике именем Гафурова названы поселок, район, университет, различные улицы и проспекты. Академик также изображен на национальной банкноте 50 сомони. В родном крае ученого уже более 20 лет действует музей и центр "гафуроведения", где изучается его жизнь и наследие.
